El Museo de la Memoria y los Derechos Humanos depende de una Fundación de derecho privado integrada por representantes del mundo académico, organizaciones de defensa y promoción de los derechos humanos y personas que generan un espacio de pluralidad en el seno de la institución. Las fundadoras del Museo son Mª Luisa Sepúlveda Edwards y Mª Eugenia Rojas Baeza. Su Directorio está compuesto por académicos de universidades que cuentan con Centros de derechos humanos. También está integrado por organizaciones de defensa y promoción de los derechos humanos en Chile, como la Vicaria de la Solidaridad, la Casa de la Memoria y la Corporación Parque por la Paz Villa Grimaldi. Los demás miembros han sido convocados a título personal, producto de su compromiso con los Derechos Humanos para respaldar la misión del Museo.

Directorio

Marcia Scantlebury Elizalde, Presidenta, Periodista, miembro del directorio de TVN.

Álvaro Ahumada San Martín, Secretario general, director representante Corporación parque por la Paz Villa Grimaldi

Daniel Platovsky Turek, Tesorero, Ingeniero Eléctrico, empresario.

Arturo Fontaine Talavera, Escritor, académico, ex director CEP.

Michelle Bachelet Jeria, ex Presidenta de la República, Médico.

Javier Luis Egaña Baraona, Abogado, representante Fundación Archivos de la Vicaría de la Solidaridad.

Eduardo Silva Arévalo, Sacerdote S.J, rector Universidad Alberto Hurtado.

Carlos Peña González, Abogado, rector representante Universidad Diego Portales.

Carolina Tohá Morales, Cientista Política.

Verónica Reyna Morales, representante Corporación Casa de la Memoria.

Felipe Abottt Matus, Abogado, director (s) Centro de DDHH, Facultad de Derecho, Universidad de Chile.

Yañira Zúñiga Añazco, académica e investigadora Instituto de Derecho Público, Universidad Austral.

Catalina Bosch Carcuro, Sicóloga y académica.

Alejandra Kantor, emprendedora y gestora cultural.

Patricio Zapata, Abogado y académico constitucionalista.